Die Estonica-Sammlung der Institutsbibliothek umfaßt gegenwärtig rund 600 Bände und ist somit stark erweiterungsbedürftig. Es wird zur Zeit versucht, diese Sammlung zu ergänzen und vertiefen.
Die Sammlung ist unter XII und XIII zu finden:
XII - Estnische Literatur, Literaturgeschichte
XIII - Estnische Geschichte und Landeskunde
Während die meisten Bücher in estnischer Sprache sind, gibt es auch eine bedeutende Anzahl solcher, die in deutscher oder englischer Sprache verfaßt sind.