Der Stiftbrief der Universität Wien vom 12. März 1365 mit der Unterschrift Herzog Rudolfs IV. und seiner Brüder, die entsprechenden päpstlichen Bestätigungsbullen seit Papst Urban V. sowie die von den nachfolgenden Herrschern ausgestellten Konfirmationsurkunden, die den Umfang der universitären Privilegien dokumentieren, die Statuten der Gesamtuniversität, der Fakultäten und akademischen Nationen sowie zahlreiche Stiftbriefe von mittelalterlichen Bursen (Studentenhäusern) und Stipendien bilden das Herzstück der Altbestände. Neben diesen für die Rechtssicherheit, den Status und die ökonomischen Grundlagen bedeutsamen Dokumenten bilden die zahlreichen Matrikelbände (1377 ff.) eine der historischen Hauptquellen für die Personalgeschichte des Wiener Studiums vom Mittelalter bis zum Ausgang der Monarchie. Studierende und Lehrende sind hier gleichermaßen namentlich erfaßt. Zusammen mit den bis 1968 reichenden Inskriptionsblättern (Nationale) besitzen wir eine lückenlose "Studentenevidenz" aller Fakultäten für einen Zeitraum von mehr als 600 Jahren. Sie bietet die Grundlage für personen- und sozialgeschichtliche Studien und insbesondere für das zentrale Thema der internationalen akademischen Migration.
Seit dem Mittelalter haben die Rektoren, die Dekane und die Prokuratoren der Akademischen Nationen Protokolle und Akten geführt, die u. a. über die Beschlußfassungen der Gremien, die Lehrveranstaltungen, das Prüfungs- und Graduierungswesen, die wirtschaftlichen Belange der Universität, über die Reformen der Universitätsorganisation und des Studienwesens Auskunft geben. Wir besitzen eine weitgehend geschlossene Überlieferung vom 14. bis in das ausgehende 20. Jahrhundert. Besonders häufig werden die umfangreichen Promotions-, Habilitations- und Berufungsakten aller Fakultäten herangezogen. Aber auch die Bestände des 20. Jahrhunderts bieten der zeitgeschichtlichen Forschung reiches Material, das mit Ausnahme der Akten der Juridischen Fakultät, die 1945 teilweise verbrannten, weitgehend verlustfrei zur Verfügung steht. Viele Diplomarbeiten und Dissertationen basieren darauf, aber auch umfangreichere Forschungsprojekte, wie zum Beispiel das Senatsprojekt "Untersuchungen zur anatomischen Wissenschaft in Wien 1938-1945 ", die Sammelpublikation "Willfährige Wissenschaft " (1988) oder das Gedenkbuch für die Opfer des Nationalsozialismus an der Universität Wien .
Neben den historisch gewordenen Aktenbeständen der Universitätseinrichtungen betreut das Archiv zahlreiche Sammlungen, die das amtliche Schriftgut ergänzen. Dazu gehören neben der universitätsgeschichtlichen Archivbibliothek , die aus der ehemaligen Rektoratsbibliothek und mehreren Legaten hervorgegangen ist, über 100 Nachlässe, Sammlungen von Urkunden, Autographen, Bildern, Gemälden, Medaillen, Mikrofilmen (Sicherheitsverfilmung), Siegeln und Petschaften (Stempel), Plänen usw. Auch die Exponate des einstigen "Wiener Universitätsmuseums" wurden dem Archiv einverleibt. Im barocken Festsaal des Archivs - dem ehemaligen Refektorium des Jesuitenkollegs - werden im Rahmen der Schausammlung zur Wiener Universitätsgeschichte zahlreiche kostbare Objekte präsentiert, darunter neben den päpstlichen und fürstlichen Stiftbriefen der Universität Wien von 1365 die sogenannte Celtis-Kiste , ein kunstvoll bemalter Holzschrein zur Verwahrung der Krönungsinsignien für Dichterkrönungen (1508), Baumassenmodelle von Universitätsgebäuden, Waffen und Trommeln akademischer Aufgebote (1683, 1848), Figurinen mit den historischen Universitätstrachten usw.
