Archivierung, Erhaltung und Erschließung des Archivgutes - ausschließlich für Zwecke der Universitätsverwaltung - waren die ursprünglichen Arbeitsfelder. Mit der Öffnung des Archivs für die Forschung erfolgte eine enorme Ausweitung der Aufgaben: schon bei der Sicherstellung der Überlieferung sollte nun auf ein möglichst breites Spektrum wissenschaftlicher Fragestellungen Bedacht genommen werden. Das Universitätsarchiv sollte vielfältigste historische Informationen und Materialien für auswärtige Forscher zugänglich machen, es wurde mit eigenständiger historischer Forschung, der Edition von Matrikeln und Akten beauftragt und wirkte bei der Publikations- und Redaktionstätigkeit im Bereich der Universitäts- und Wissenschaftsgeschichte sowie bei Forschungsprojekten und Ausstellungen mit. Im Festsaal des Universitätsarchivs (barockes Jesuitenrefektorium), der auch die Schausammlung beherbergt, werden regelmäßig Vorträge, Lehrveranstaltungen und Tagungen zu universitäts- und wissenschaftsgeschichtlichen Themen abgehalten. Aus dem alten "Schatzgewölbe" wurde ein öffentlich zugänglicher Forschungs- und Servicebetrieb.
Heute steht über allem der Wunsch nach raschem Zugriff auf die Informationen. Alte Findbücher und Karteikästen müssen durch elektronische Inventare und Findbehelfe ersetzt werden, die letztlich eine Internetrecherche ermöglichen. Dieser "Quantensprung" in der Archiverschließung wurde nach einer längeren Test- und Pilotphase schließlich im Jahr 2004 durch die Einführung des integrierten Archiv-Informationssystems scopeArchiv vollzogen, das in der internationalen Archivlandschaft starke Verbreitung gefunden hat. Das Archiv der Universität Wien spielte diesbezüglich in Österreich die Vorreiterrolle, andere Archive, wie das Österreichische Staatsarchiv sind inzwischen nachgefolgt. Die elektronische Bestandserschließung und teilweise Digitalisierung des Archivgutes gehört zu den aktuellen Schwerpunkten der Archivarbeit.
