Die Handschriftensammlung reicht von einem prachtvoll illuminierten mittelalterlichen Codex bis zu wissenschaftlichen Manuskripten des 19. Jahrhunderts. Ein Teil der Handschriften stammt von Norbert Jokl, der sich insbesondere mit dem Albanischen, Slawischen und anderen sprachwissenschaftlichen Themen beschäftigte. Ein weiterer Bestandsteil umfasst etwa 200 indische Handschriften, die Ende des 19. Jahrhunderts in die Universitätsbibliothek Wien gelangten. Mit Stand Jänner 2026 sind etwa die Hälfte der ca. 1.200 neuzeitlichen Handschriften im Onlinekatalog erfasst. Im Rahmen eines Projektes werden nun bis Anfang 2027 alle Handschriften online in u:search und viele davon auch über die digitale Bibliothek verfügbar sein.
Literatur: Werner Hainz-Sator: Katalog der abendländischen Handschriften der Universitätsbibliothek Wien, 1988